「日本最大の地下水系」は極めて難しい質問であり、明確な回答をするだけの資料、情報量が国内にはありません。一般に、地下水が豊富にある地域は扇状地と呼ばれる地形が発達した地域です。扇状地は、大きな河川が山地から平野への出口付近にできる粗い礫や砂で形成された扇形に拡がった地形で、全国どこにでもみられます。大きな扇状地は大量の地下水を蓄えており、富山の黒部川、静岡の富士川、熊本の白川などの扇状地が特に有名で、多量に揚水され利用されています。また、扇状地に続く沖積平野も地下水が豊富で、濃尾平野、筑紫平野などでも地下水が豊富です。
以下に示す、国の機関から全国の地下水に関する情報が発信されており、地域別の地下水利用状況の概要を知ることができるのでご参考ください。
- 国交省水資源部：毎年「日本の水資源」が出版（Webサイトに全文掲載）、全国の水資源の利用状況が地域別に分かります。
- 環境省：「全国地盤環境情報ディレクトリ」（Webサイトで公表）、地下水の揚水による地盤沈下に関する情報提供がメインですが、地下水の利用、取水状況を知ることができます。
- 経産省経済産業政策局：「地下水対策の概況（H21年版）」（Webサイトから全文入手可）
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。