地下水は一般的に等高線に直交するように流れるのですか?

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一般に自然状態においては、浅い深度に存在する地下水の流れる方向は地表面の傾きと調和的であることが多く見られます。従って、地下水の流れを調べるための井戸の情報などが無い場合には、地表面の傾きから概ねの流れ方向を推定することができます。
ただし、地下水の流れは地質構造に加え、付近の地下水利用実態、地下水の涵養機構、周辺の河川など様々な要素の影響を受けます。このため、地下水の流れをより正しく評価するためには、これら諸要素を勘案した判断が必要です。

なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。