実際の現場を見ていないので、発生物質が何であるか、また発生原因が何であるか、はっきりとお答えできません。しかし以下のことが可能性として考えられます。
物質は真菌の仲間である、カビや酵母、原因としては貯水槽の隙間を通して、空気中から菌が付着したチリなどの浮遊物質が入り込んだことが考えられます。原因物質をはっきりさせるには、顕微鏡による観察が必須です。建物の給排水のメンテナンスの専門家である管理業者などに相談されると良いでしょう。また飲料水のトラブルとして保健所にご相談されることもできると思います。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。