散布する肥料成分で地下水に影響を与える成分は硝酸性窒素（水道法では硝酸態窒素と呼びます）です。窒素肥料は、アンモニア性窒素、尿素、有機体窒素として施肥されますが、土壌中で細菌の働きにより比較的速く硝酸性窒素に変化して地下水に移行します。硝酸性窒素は水質汚濁防止法、水道法で基準値が設定されています。窒素肥料や畜産廃棄物による地下水汚染は各地でみられ、その詳細は環境省のホームページに掲載されています。窒素成分以外に地下水の水質に影響を及ぼす成分は、土壌改良剤として散布される苦土石灰の主成分であるカルシウムイオン、マグネシウムイオンなどがありますが、健康影響に直接関係がないので問題視されることはありません。
施肥成分の地下水に及ぼす影響は一概に言えません。それは、地下水の帯水状況が地域により大きく異なるためです。施肥の後、すぐに地下水に影響が出る場合、何か月か遅れて影響が出る場合、ほとんど影響が出ない場合など、様々です。施肥は年間を通して限られた時期しか行いません。施肥時期との関連性など、これらを明らかにするには実際に地下水を採取して水質測定をするしかありません。理想的には月1回程度の頻度で1年間継続して行う必要があります。硝酸性窒素の測定の代わりに電気伝導率（EC）が簡便に安価に測定することができるので、検査費用を考えると、これで水質の変化を知ることもできます。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。
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硝酸性窒素汚染の範囲（距離、深さ）はどれ位に及びますか？ 深井戸であれば問題ないか？