地下水流動シミュレーションを試行するには、地下水に関わるさまざまな要素（データ）を収集整理する必要があります。それらは、一般的なシミュレーションでも、涵養域の地形、地質（帯水層構造）、帯水層の地下水水理定数、帯水層別の地下水位の分布、地下水利用実態、地域の降水量分布、蒸発散量分布、などのデータと、帯水層構造を反映した数値計算モデル、などが必要となります。データが不足している場合は、新たにデータを構築することも必要になり、時間としても3年以上、費用としても数千万円規模が想定されます。これらの作業（事業）は、市の水道や環境行政が中心となって進めることになりますが、地下水学会では、要請に応じて専門分野の大学の先生や、専門技術者を派遣してご相談にのることが出来ると思います。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。