飲料水の基準値は水道法で環境基準と同じ基準値が設定されています。但し、硝酸態窒素のように。「性」の代わりに「態」が使われていますが、全く同じ物質です。高濃度に硝酸性窒素を含む水道水、井戸水を飲用すると、乳幼児がメトヘモグロビン血症を発症します。国内でも発症事例が報告されています。
工業用途は、冷却水、洗浄水、ボーラー用水など様々ですが、炭酸成分のように腐食性がないため、高濃度含有されていても特に問題はありません。但し、地下水（井戸水）には様々な成分が溶けています。硝酸性窒素だけでなく他の主要成分の水質分析を行い、目的にあった利用の適否の評価をすべきです。
農業用には施肥成分である窒素そのものであり、プラスに働いても害になることはありません。著しく汚染された地下水でも、施肥量に比較すると一般に無視できる濃度です。
硝酸性窒素に関する地下水汚染は、我が国の大きな水環境問題に一つになっており環境省のウェブサイト（地下水・地盤対策）に調査事例、対策が記載されていますので参考にして下さい。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。