井戸への影響は、河川と井戸の平面的な位置関係だけではなく、地下水の帯水層の深度、地下水の流れの方向が大きく影響します。井戸水が河川水のかん養を受けていれば影響が現れ、水位低下や場合によっては枯渇することも考えられます。井戸が河川の近くにあっても、地下水の流れが河川の流れと並行していたり、地下水が河川へ流出している場合などは、影響はほとんどありません。
護岸工事は、三面張り工法に代わり、もともとあった自然堤防、土手などをできるだけ活かして（残して）、必要な部分だけ工事を行う工法が最近各地で採用されています。国も、景観だけでなく水辺の動植物など自然環境に配慮した「多自然型川づくり」を推進しており、工事による河川水の周辺井戸への影響も場所によって考慮されると思います。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。