地下水位が変化するのは降雨、特に豪雨の影響が考えられますが、それは水位の上昇という現象になります。水位が急に低下するのは主に人工的な要因と思われ、周辺での大量揚水や土木工事等の影響以外では、井戸の目詰まり現象などを疑ってみるのが良いと思います。
井戸の目詰まりは、井戸内にカメラを挿入することで観察することが出来ると思います。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。
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