私が知る限り、井戸そのものは地震に強いとされています。熊本地震などでは、地震後に熊本市内（水道水源として地下水が100％使用されています）の水道水に濁りが生じました。しかし、やはり最大の問題となるのは断水のようです。電力供給の面も関係するとは思いますが、水道管そのものも水道の老朽化が進み、漏水が大きな問題になりました。
厚生労働省の資料によると、阪神・淡路大震災（最大震度7）では約130万戸、熊本地震では40万戸以上が断水しました。熊本地震では大きな地震が2回起きていますが（2016/4/14，4/16）、4/20の時点でも10万戸近くが断水状態だったことが報告されています。断水が1ヵ月以上も続いた地域もありました。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。
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