浸透施設は、降水を直接下水等に流すのではなく、地下に浸透させて、雨水排水施設への負担軽減（河川水位の急激な上昇抑制など）や地下水涵養などを目的に設置されるものです。
地下浸透施設周辺の地下水位が高いと浸透施設から周辺へ地下水として浸透せず浸透施設の効果はありません。地下水位はゆっくりですが変動するため、どの時点を捉えて地下水位からの高さを判断（決定）するかに違いが出ます。
一例として、地下浸透施設と地下水位の関係に関して、横浜市環境創造局が「雨水浸透施設設置基準」を公開し、資料が掲載されていますので参考にしてください。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。