揚水は国の２法律（工業用水法、ビル用水法）があり、また多くの自治体では条例で地下水の揚水規制をしています。しかし、還元井戸の設置、注水に関する法規制は現在のところありません（2009年4月時点）。詳細は地元自治体で確認をして下さい。雨水の地下還元については衛生的な面から、紫外線照射による殺菌をしてから帯水層に戻す試みが行われたことはありますが、クローズドシステムの空調利用には水質の面では問題はないと思います。還元井戸の「帯水層に揚水した井戸水を戻す。」という本来の機能が十分発揮できるか、事前に技術的な検討を行う必要があります。帯水層に水が戻らない事態に備えて、排水路を整備することを勧めている事例もあります。ヒートアイランド対策の一環として環境省（水・大気環境局 地下水・地盤環境室）は、地下水・地盤環境への影響調査を2006年度から2010年度にかけて実施しています（詳細は環境省のＨＰにて）。地下水や地中熱を利用した空調設備は、省エネとCO2排出量の抑制、冷房時に熱を外気に放出しないため環境にやさしいシステムです。効率的なシステムの開発普及を目的にNPO法人「地中熱利用促進協会」が活動しており、ＨＰを通して技術的な情報を得ることができます。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。