地下水位は一般に、降水量の影響、近隣の地下水利用（農業用水・工業用水など）の影響を受けて変動します。雨が降れば水位が上昇し、渇水になれば水位が低下します。しかし、降水量の変化に応答が早いもの、雪解け水などのように降水から何か月か遅れて影響がでるもの等、地下水位の変動は様々です。特に、難透水層（粘土層）で遮断された下部の帯水層から取水する井戸（深井戸）では、降水量の変化が何年も遅れて水位に影響が現れ、季節変動だけではなく経年変動を示す場合もあります。
以上の様に、地域や場所により様々に変化する地下水位の観測期間を「何年」、と一概に決めることは難しいと思います。ただ目安という意味でお答えすると、可能であれば３年程度、少なくとも１年間の観測は必要と思います。頻度は、最低毎月１回でしょう。測定頻度が短ければ短いほど詳細な水位の変動を把握できます。
なお、計測する水位計ですが、様々なタイプがあります。直上から水位計を下ろして、着水をブザー等で関知するもの、水中にセンサーを入れて水圧を利用して観測するもの等様々です。
ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。