井戸は全く使わないと井戸内の水が滞留し、再度利用する際に濁りや井戸の目詰まりが生じる可能性がありますので、定期的に利用されることをお勧めします。
井戸の構造（深度、スクリーンの長さなど）や地下水の水質などによってもメンテナンス内容は変わりますので、井戸の維持管理に関する書籍としては以下がありますが、設置した井戸業者への確認や（一社）全国さく井協会に問い合わせされることを推奨いたします。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。
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井戸をしばらく使用しないと、井戸水に大腸菌等が発生する等で水質が悪化するのですか？
地下水の熱利用を考えているのですが、参考となる資料などはありますか？