どちらの可能性が大きいかを判断するには、井戸水の鉄濃度、遊離二酸化炭素濃度を測定すれば判断が付くと思います。
揚水直後の井戸水が肉眼でほとんど無色透明であっても、可溶性の鉄（無色です）が含まれていれば、揚水後に空気酸化を受けたり、配管内の鉄バクテリアによって不溶性の鉄化合物が生成して、水は褐色を呈するようになります。サビは鉄の複雑な化合物ですが、鉄化合物は２価の状態では、無色で水に溶けますが、３価の状態では、褐色で水に溶けないため濁りが生じ、いわゆるサビの状態になります。第一鉄、第二鉄という言葉は、現在は使用されませんが、それぞれ、２価、３価に相当します。また、井戸水に鉄が含まれていなくても遊離二酸化炭素を多量に含む場合には、パイプから鉄分が溶出する可能性は考えられます。
どちらの可能性が大きいかを判断するには、井戸水の鉄濃度、遊離二酸化炭素濃度を測定すれば判断が付くと思います。井戸水の水質検査は、ポンプを稼働した状態で井戸直近で採水する必要があります。遊離二酸化炭素濃度の測定は、技術的には難しくありませんが、ガス成分であるため現場で測定する必要があります。鉄濃度と着色の関係は、水道法の水質基準値0.3mg/Lが一つの判断基準になると思います。詳細は、水道維持管理指針（2006年、日本水道協会）などを参考にするとよいと思います。
（2011年1月時点）
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。
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