井戸から得られる地下水が急に濁ってしまう原因はいくつかあります。
比較的短期間で発生する事例として、井戸構造の変化があります。井戸が掘削されてから年数が経過すると、さく井時の井戸構造が崩れて、豪雨のあと地中に浸透した雨水が井戸の内部に混入して、井戸水に濁りが発生することがあります。
また、礫の多い地層から地下水を得ている場合、付近の水田の「代掻き」により生じた濁水が浸透して井戸水に混入することがまれにあります。これは季節的な、もしくは周期的な変動であるとも言えますので、少し長期間の観察により変化を確認してみるとよいと思います。
これらとは別に人工的な原因による変化も考えられます。いずれにしても１回の観察結果ではなく、何回かある程度時間をおいて継続的に観察していくことが原因推定に役立つと思います。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。
【関連ある質問】
浅井戸（掘抜き井戸）の地下水は大雨の時に濁りやすいのですか？
新設井戸から連続揚水すると一目で判る位に濁ります。数時間洗浄しても濁りがとれません。
サビで茶色になる原因が、地下水自身か、それともパイプ等の設備要因なのか判断する方法は？
鉄やマンガンの成分に変化がないのに色度が1～2オーダー上昇する原因は何ですか？
井戸水から大腸菌が急に検出されました。原因はなんでしょうか？