浅井戸、場合によっては深井戸も降雨時に井戸水が濁ることがありますが、希な現象と思われます。
井戸を作る際、地面に開けたボーリング孔を井戸として完成させるために、掘削孔が崩れないようにするため、ケーシングと呼ばれる金属管あるいは塩ビ管等を挿入します。地層が崩れて井戸として使えなくなってしまうことを防ぐ目的です。掘削孔とケーシングの間には、どうしても隙間ができるため、この隙間に地上から深部まで砂利等を充填します。しかし、このすき間に充填する砂利が地表までつながってしまうと、地表から雨水等が浸透してしまい、ケーシングに空いたストレーナと呼ばれる地下水を取り込む孔から井戸内部に入り込んでしまいます。これを防止するため、地表面近くの掘削孔とケーシングの間の隙間には、水を通さないセメントあるいは凝固剤といった物質で必ず“水止め”を行い隙間を塞ぎます。この水止め（遮水）が十分機能していない場合や、壊れたりすると、井戸の設置場所よっては雨水等が井戸内部に入り込んでしまい水が濁ることがあります。
もし今まで発生しなかった降雨後の濁りが急に発生した様なケースは、上述の様な井戸構造に問題が生じた可能性が考えられます。この加工が十分でなかったか、経年的な劣化によって、隙間が生じてしまったことが原因かも知れません。
井戸の構造、掘削技術の概要については社団法人地盤工学会（発売元・丸善）から発刊されている「地下水を知る」（2008年）などが参考になります。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。
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