濁りに褐色を帯びていれば原因は水に溶けている鉄分、白い濁りであれば微細な粘土質によると考えられます。
鉄分の場合、取水をあきらめるか、飲用等には水道水を使用して、井戸水は散水などの雑用水に使用するしかありません。
粘土質による場合は、井戸の管（ケーシング）の集水箇所（スクリーン）から、スクリーンの周りの濁りの元になる粘土や微砂を水と一緒に引き込んでいる可能性が大きいと考えられます。スクリーンの周辺が、濁りを生じない砂や礫だけになれば、濁りも収まります。しかし、濁りが一時的なのか、何年もの長い期間継続するのかを判断することは残念ながら困難です。
濁りは揚水流量を少なくして、長期間揚水を続けることによっていずれ透明になることが多いです。しかし、粒子が細かい濁りの原因の場合は地下水が灰色っぽく見え、長期間揚水をしても透明にならないことも多くあります。
また、施工上の問題で、井戸の水止めが不十分であると、降雨時などに地表付近から、管壁（ケーシングの外側）を伝って濁った水が流れ込み、井戸水が濁ることもまれにあります。これは降雨との関係で判断ができます。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。
【関連ある質問】
浅井戸（掘抜き井戸）の地下水は大雨の時に濁りやすいのですか？
もともと透明だった浅井戸の地下水が急に濁りました。どのような理由が考えられますか？
サビで茶色になる原因が、地下水自身か、それともパイプ等の設備要因なのか判断する方法は？
揚水した地下水のサビ汚れを防止する方法は？ 例えば、配管を塩ビに変更して防げますか？
鉄やマンガンの成分に変化がないのに色度が1～2オーダー上昇する原因は何ですか？
マンガン、鉄はそれぞれどのような地層・岩種の地域に多く含まれていますか？