井戸をしばらく使用しないと、井戸水に大腸菌等が発生する等で水質が悪化するのですか？

日常使用せずに水が置き換わらなかった井戸水では、水垢などが発生しやすくなります。それが原因で、水道法の水質基準にある「一般細菌」及び「大腸菌」の２項目の検査結果が陽性を示す可能性が高くなります。また、細菌以外のサビ等による濁り、着色等で飲用に適さない水質になる可能性もあります。従って、しばらく使用しなかった井戸水を使用（飲用）する際は、井戸の深さ・形状にも寄りますが、日を置いて多量の井戸水の揚水を繰り返した後で、水質検査を受けられることをお薦めします。
なお上述２項目が検出されても、直ちに水系疾患の原因菌が含まれていることにはなりません。正しくは「含まれている可能性がある」といえます。

ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。

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