井戸を新しく掘削して一般細菌が基準を超えて検出されることは珍しくありません。100mを超える深度の水道水源井の原水でも、基準値以下ではありますが、何年も一般細菌が検出し続けるものがあります。揚水を続けることにより、菌数が低くなることが一般的です。ただし、検出し続ける期間は、毎日揚水をしていても一週間程度から年単位の長期に亘ることもあります。一般細菌の起源は様々です。掘削時の人為的な汚染、あるいは帯水層に元々生育していることもあります。一般には原因不明とするケースが多いと思います。
なお、一般細菌は特定の細菌を指すのではなく、ある条件で培養したときに増殖する細菌の総称であり、一般的に病原性はありません。
ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。
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