40歳以上の日本人は約75％の人がピロリ菌に感染しており（出典：ピロリ菌ドットねっと）、感染源は、家族内での幼少期に母親から子供への感染が主体と言われています。地下水からピロリ菌に感染するという情報は、地下水学会としては持ち合わせていません。ピロリ菌については、専門の学術団体である日本ヘリコバクター学会、あるいは日本消化器病学会にお問いする方が良いと思います。
なお、全国各地に名水と称する湧水、あるいは井戸水がたくさんありますが、水系感染症を引き起こす原因物質である大腸菌、一般細菌が含まれている可能性があります。いわゆる、「美味しい水」、「健康によい水」と噂される水と衛生的な水質とは直接関係がありません。もちろん地元の自治体なども水質検査は行っていないことが普通です。環境省が制定した「日本の名水」のいくつかに大腸菌が含まれていることは衆知のことです。
ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。
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井戸をしばらく使用しないと、井戸水に大腸菌等が発生する等で水質が悪化するのですか？