水質の悪い井戸水の典型的な現象です。井戸を掘削した目的にもよりますが、少人数の飲用など、揚水量が少なく生活用水を取水する目的であれば使用をあきらめるしかないと思います。鉄、（マンガンが共存している場合もある）を除去して使いたいのであれば、次亜塩素酸処理、あるいは接触酸化法により鉄を完全に不溶化してろ過処理をするしかありません。
個人で対応するには日常の維持管理が大変だと思います。どうしても、というのであれば、除鉄、除マンガンは水処理業者さんの得意分野なので相談をされてはどうでしょうか。使用目的、希望する揚水量をもとに対策を考える必要があります。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。
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